تأسیس حوزه علمیه سامرا با ورود امام هادى و امام حسن عسكرى(ع) به این شهر آغاز مى‏شود كه امام به صورت حضورى و مكاتبه‏اى به نشر معارف الهى مى‏پرداخت و تعیین وكلا و نمایندگان از طرف ایشان در شهرهاى مختلف ایران و عراق و حجاز در حكم گسیل دانشمندان به حوزه‏هاى جدید شیعى بود. چنانكه دكتر جاسم حسین بنابر اخبار تاریخى مناطق اعزام نمایندگان امام(ع) را به چهار قسمت عمده تقسیم مى‏كند:  ناحیه بغداد، مدائن، سواد و كوفه  - ناحیه بصره و اهواز  ناحیه قم و همدان  ناحیه حجاز، یمن و مصر،به عنوان نمونه باید به برخى از رویات اشاره كرد كه سوال «محمد بن على كاشانى‏» در موضوع توحید و پاسخ امام هادى(ع) رانقل كرده‏اند و این غیر از ارتباطاتى است كه در مورد اخذ وجوهات شرعى انجام مى‏گرفته است.
در مكتب امام هادى(ع) به نكات زیر برمى‏خوریم:
 اصالت قرآن  نشر كلام شیعى  نشر فرهنگ دعا و زیارت  برخورد قاطع با دشمن عقیدتى و سیاسى
امام(ع) در جواب نامه‏اى كه از «جبر و تفویض‏» سؤال شده است جایگاه قرآن و اصالت آن را این گونه بیان مى‏دارد: «بدانید  خدایتان رحمت كند  كه ما در روایت و اخبار بسیارى كه وارد شده نگریستیم و چنین یافتیم كه آنچه همه فرق اسلام كه خدا را مى‏شناسند نقل كرده‏اند از دو گونه خارج نیست  یا حق است كه باید پذیرفت  یا باطل است كه باید رد كرد.
و امت همه اتفاق دارند كه «قرآن‏» نزد همه فرقه‏ هاى اسلام حق است. همگى به حقانیت آن اعتراف دارند و در این مساله به حقیقت رسیده و حق را یافته‏ اند چون پیغمبر(ص) فرموده: «امت من همه با هم گمراه نشوند» و خبر داده كه «آنچه مورد اجماع امت باشد حق است به شرط اینكه هیچ اختلافى درمیان نباشد» و قرآن حق است و درباره نزول آن از جانب خدا و درستى‏اش اختلافى نیست. پس اگر حدیثى مورد تصدیق و تایید قرآن بود و جمعى از امت منكر شدند به ناچار باید دست از انكار بكشند و بدان اقرار كنند به حكم اینكه همه صحت قرآن را پذیرفته‏اند. و اگر به جحد و انكار ادامه دهند محكوم به خروج از دین‏ اند.
آن‏گاه نخسین خبرى را كه مورد تصدیق قرآن كریم است آورده و قرآن را بر صحت آن گواهى گرفته است و آن حدیث جز حدیث «ثقلین‏» نیست كه با آیه‏«انما ولیكم الله‏» راست مى آید»
امام على النقى(ع) با توجه به ماجراى مرموز صوفیه در عصر خویش كه مردم را از حضور سیاسى و عبادت واقعى دور مى‏دارند با نشر فرهنگ دعا و زیارت و با عرفان ناب شیعى به ستم ستیزى و دشمن شناسى مى‏پردازد و لزوم دوستى اهل بیت عصمت را یاد آور مى‏ شود.
امام على النقى(ع) پس از بیست‏ سال تبعید در سامرا در سال 254 هجرى با زهر به شهادت مى‏رسد و امام حسن عسكرى(ع) امامت امت رابر عهده مى‏گیرد دوره امامت امام حسن عسكرى(ع) همه در سامرا سپرى شده است و از این رو به ایشان‏«عسكرى‏» مى‏گویند حضور امام در این شهر مى‏توانست براى حوزه علمیه سامرا نقش آفرین باشد لیكن امام همواره تحت نظر بود و شیعیان كمتر مى‏توانستند با ایشان ملاقات كنند.
پس از شهادت امام حسن عسكرى(ع) حضرت مهدى(عج) به امامت رسید كه دوران امامت ایشان به دو عصر غیبت صغرى و كبرى منجر گردید و در عصر غیبت صغرى نواب خاص ایشان عموما در بغداد سكنى گزیدند و حوزه سامرا از رونق افتاد.